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Unter Wurzel versteht man in der Linguistik den Bedeutungskern eines Wortes. Die Wurzel eines Wortes bildet somit die kleinste Einheit (morphologisches Atom) für die Wortbildung. Im Unterschied zur Wurzel ist der Wortstamm die Ausgangsform um neue Wörter zu bilden, z. B. durch Derivation, Konversion, Komposition (in der Wortbildung) bzw. durch Flexion (Wortbeugung). Die Wurzel unterliegt allenfalls der Ablautbildung. In der Linguistik wird eine Wurzel im Sinne eines morphologischen Atoms oft mit dem Symbol √ gekennzeichnet.

In der deutschen Sprache fallen Stamm und Wurzel in der Regel zusammen. Im Lateinischen oder auch im Sanskrit wird der Unterschied zwischen Stamm und Wurzel noch deutlich:

• Beispiel lateinisch
  • Wurzel: √leg (Bedeutung: „sammeln, lesen, auswählen“)
  • Stamm: lector (Nomen agentis: „der Leser“, gebildet durch Derivation)
  • flektiertes Wort: lectoris (Stamm+Genitivendung)
• Beispiel sanskrit
  • Wurzel: √dhā (धा),
  • Stamm: dadhā (दधा), (gebildet durch Reduplikation)
  • flektiertes Wort: dadhāti (दधाति), („er legt“)

In der historischen Sprachwissenschaft ist eine Wurzel ein durch historischen Vergleich erschlossener Kern. In diesem Sinne des gemeinsamen Ursprungs wird eine Wurzel in der Linguistik oft mit dem Symbol * gekennzeichnet.

Ein Beispiel für eine solche Wurzel: Auf eine projizierte indogermanische Wurzel: *neu(i)os können die Wörter aus verschiedenen Sprachen zurückgeführt werden

• deutsch: neu,
• englisch: new,
• niederländisch: nieuw,
• italienisch: nuovo,
• spanisch: nuevo,
• portugiesisch: novo,
• französisch: neuf,
• griechisch: neos,
• hindi: nava,
• polnisch: nowy
• und so weiter …

In den semitischen Sprachen beruhen die meisten Wörter auf einer dreikonsonantigen Wurzel. Siehe hierzu Radikal (semitische Sprachen).